審理因特網版權糾紛案在技術操作上存在的困難具體表現為權利主體認定的困難和查證侵權事實過程中證據效力認定上的困難。
1.權利主體的認定問題。
在《電腦商情報》侵權一案中，在侵權行為已定性的情況下，爭議的焦點卻在于如何證明本案的原告是網上作品的原著作權人，在網上該作品署名為“無方”。根據現行著作權法第11條第3款，“如無相反證明，在作品上署名的公民、法人或者單位為作者。”但這一規定在審理網上作品侵權案時很難操作，因為在網上使用筆名是司空見慣的。當作者將作品上載于自己的主頁時，他們尚可能通過對主頁的勘驗證明網絡作品原作者的身分，畢竟主頁的注冊人會擁有該主頁的帳號和密碼；但如果是現實中大量存在的作者署筆名以電子郵件形式直接向網站投稿，更進一步說，如果網絡使用者直接在BBS上發表署筆名文章，那么在既無密碼又無帳號，甚至連電子郵件可能是偽造或不存在的問題下，如何確定作品的原著作權人呢？傳統的舉證分配機制在這類情況下已顯力不從心。
2.證據效力的不確定。
在因特網版權侵權糾紛中，直接來源于案件的證據往往是電子郵件，因此認定電子郵件的原始證據效力就成為查證侵權事實的關鍵。根據民訴法有關證據的理論和審判實踐經驗，原始證據一般要求是原物和原件，以確保與案件本來情況相符。但電子郵件是一種數字化信件，從技術角度來看，極易被篡改和偽造，且這種篡改和偽造可不留痕跡。因此確定訴訟當事人提供的電子郵件是否為原件就很困難，電子郵件在審理中作為法律證據的效力十分有限。
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