商標糾紛是一場系統戰，要消耗當事各方大量的時間、精力與資源。同時，一些潛藏的市場風險還會顯現，必然會對企業經營產生各種各樣的危害，導致企業經營陷入不確定性之中。
總體來說，商標糾紛對企業經營的危害主要體現為五個方面：
一、市場信心受挫，合作阻滯
任何一家企業都是合作鏈條與價值網中的一環。如果企業與其他組織、企業或個人產生商標糾紛，那么合作鏈條上的其他成員就會變得“謹慎”起來，以最大化降低其與企業的合作風險。諸如，供應商減少供貨規模，要求縮短應收賬款的賬期；金融機構終止貸款協商或縮小貸款規模；經銷商或代理商減少進貨量，延長回款周期……而對于正在洽談或協商中的合作，商標糾紛會導致合作方由于信心不足而徘徊觀望，害怕自身利益受到損失而推遲或謝絕合作。尤其很多商業連鎖企業，商標還沒有注冊下來，就開始面向全國招商。如果此時商標被訴侵權，準備加盟的那些加盟商必然會望而卻步。也正因如此，那些理性的加盟商在簽約時，要求盟主對商標的所有權與使用權做出承諾，并通過協議加以固化。
二、牽涉關聯業務，危機延伸
很多企業采取多元化、多品類經營，卻不是采取雙品牌或多品牌戰略，而是通過品牌延伸戰略來實現，即不同品類采用同一品牌的單品牌戰略。一旦商標遭遇糾紛甚至最終喪失商標的所有權與使用權，那么就會“城門失火，殃及池魚”，企業的其他品類在市場上也必然會受到影響。如桂林中輝生物技術有限公司（下稱“桂林中輝”）與美國強生公司就商標權益發生糾紛。而2014年年初國家工商總局商評委裁定，美國強生的“ONETOUCH”血糖儀注冊商標證據幾乎都在桂林中輝商標申請日之后，商評委不予支持。如果在法律規定的30天內，強生不提起上訴，他們所有的血糖儀試紙將全部強行下架，強生血糖試紙的市場份額在當時是中國市場的“龍頭老大”，故因此損失巨大。同時，由于缺乏必備的耗材，連帶強生全線的血糖儀產品也將無法使用。這起案件，強生血糖試紙不但失去商標權，還使關聯產品血糖儀市場受損。
三、品牌資產流失，品牌毀損
國際著名的品牌研究專家大衛·艾克（Aaker）在1991年提煉出品牌資產的“五星”概念模型，即認為品牌資產是由“品牌知名度、品牌認知度、品牌聯想度、品牌忠誠度和其它品牌專有資產”5部分所組成。當商標糾紛產生后，由于媒體的介入與報道，品牌知名度提升，但這并不意味著品牌資產的增加，因為受眾對品牌的好感度未必增加，很可能贏得了商標，卻失去了“名聲”。而品牌認知度下降，則是品牌在受眾群體中更加模糊了。無疑，這為品牌資產做了“減法”。同時，品牌聯想是消費者看到一特定品牌時，從他的記憶中所能被引發出對該品牌的任何想法，包括感覺、經驗、評價、品牌定位等。再來看看品牌忠誠度，是指消費者對品牌偏愛的心理反應，反映了對該品牌的信任和依賴程度。品牌糾紛發生，消費者對自己選擇的是“真牌子”還是“假牌子”，以及究竟誰才是“正宗”都無法區分，還何談品牌資產增值？諸如，白家粉絲在2012年6月后將不能再使用“白家”商標，這就意味著白家粉絲多年創立的品牌資產將付諸東流。再如，加多寶多年對“王老吉”品牌的巨額投入，成就了王老吉品牌，然而最終卻落得個給“廣藥”做嫁衣的下場，還不得不投巨資另立加多寶品牌。
四、輿論漩渦，品牌形象受損
在商標糾紛沒有得到解決之前，都認為自己才是商標的主人，或認為此商標非彼商標，糾紛各方的品牌形象都會受損。因為真相不清、結果不明，必然謠言與猜疑四起。謠言止于真相，只有到最終裁定結果出來，這場無形資產的爭戰才會硝煙散盡。尤其是在當事雙方或多方互訴侵權的情況下，還可能存在輿論上的互相貶損，對品牌形象的傷害更大。諸如，南京物聯與ZigBee聯盟之間的商標糾紛，唯冠與蘋果之間的iPad商標糾紛，就曾陷入相互攻擊的“口水戰”。
五、終端混戰，市場銷售下滑
不要以為商標糾紛的“戰場”僅局限于行政機關、法院或新聞媒體，還有另一個重要的戰場，即產品銷售的商業終端，那里會上演各種各樣的惡性斗爭形式。諸如，通過不同的供貨政策搶占渠道，趕走競爭對手，意圖壟斷渠道終端，甚至還有采取“自殺式促銷政策”，甚至“血拼”。2012年8月15日，王老吉在南昌進行路演活動時，與加多寶相關人員發生沖突，大打出手。8月28日，兩家公司工作人員在蘇州再次發生群毆，均指責對方無理。其實，終端混戰的結果是兩敗俱傷，不但市場銷售下滑，而且市場占有率下降，市場盈利能力下降，終端管控與駕馭的難度也加大。
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