對于涉及研發的企業，持有的技術是申請專利還是以商業秘密的形式進行保護，取決于企業的發展戰略。兩者各有利弊，兩種手段的運用，才能體現企業的知識產權運營水平。
企業所研發的技術可分為前瞻性的技術和改進性的技術，也存在容易逆向破解和不容易逆向破解的維度。因此，選擇何種手段，需要綜合考慮。
如果技術是領先程度較高的技術。甚至領先當前水平數十年，遠超專利的最長保護期限二十年。這樣的技術顯然不適合用專利來保護。
專利的本質就是通過公開來獲取公權力的保護。而且公開程度必須達到看著專利文件就能實施方法，造出產品的程度。對于一些“一點就破”的技術，比如歷史上著名的“價值百萬法郎讓玻璃沒有氣泡的技術——攪拌”，如果使用專利保護，就會很快的失去商業價值。
而對于一些商業價值很高，但容易逆向破解的產品，申請專利就非常必要了。比如機械制造類的產品。很多情況下，機械產品的結構都是顯而易見的，仿制難點在于材料而不是結構，最終商品可能只在性能和使用壽命上略有差距，原產商就很容易受到市場的沖擊。
此外，專利和商業秘密都有各自的局限性。
專利是地域性的保護，但公開的范圍卻是全世界的。可能因為地域的差別出現技術無法申請專利的狀況。比如印度對仿制藥工業的保護，2005年以前不承認西方的藥物具有專利，2005年后又通過”藥物強制專利許可“來支撐本土藥企。
商業秘密盡管沒有地域性和時間上的限制，但商業秘密的泄露和難以追責是使用商業秘密保護的最大障礙。商業秘密一旦泄露，很難挽回市場損失。試想，可口可樂如果早些年配方泄露，或許”可口可樂“這個品牌早就淹死在各種口味的可樂中了。
企業擁有技術是競爭力的體現，為了實現利益最大化，根據技術的性質選擇多種手段進行保護最重要。企業的核心技術是顆糖，不想讓對方看到就要用層層的糖紙包裹起來，糖是商業秘密，糖紙就是專利。
企業知識產權保護不是一時一地的事情，也沒有一勞永逸的方法，只有找到法務、市場、研發等各環節的結合點，綜合考慮才能做出決策。
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